@240475588 终于找到答案了。
 
update操作是分为两个步骤进行，即先根据文档ID做一次GET，得到旧版本的文档，然后在其基础上做更新再写回去，问题就出在这个GET上面。
 
在 core/src/main/java/org/elasticsearch/index/engine/InternalEngine.java 这个类里面，get函数会根据一个realtime参数（默认是true)，决定如何拿到文档。  public GetResult get(Get get, Function<String, Searcher> searcherFactory, LongConsumer onRefresh) throws EngineException {
assert Objects.equals(get.uid().field(), uidField) : get.uid().field();
try (ReleasableLock lock = readLock.acquire()) {
ensureOpen();
if (get.realtime()) {
VersionValue versionValue = versionMap.getUnderLock(get.uid());
if (versionValue != null) {
if (versionValue.isDelete()) {
return GetResult.NOT_EXISTS;
}
if (get.versionType().isVersionConflictForReads(versionValue.getVersion(), get.version())) {
throw new VersionConflictEngineException(shardId, get.type(), get.id(),
get.versionType().explainConflictForReads(versionValue.getVersion(), get.version()));
}
long time = System.nanoTime();
refresh("realtime_get");
onRefresh.accept(System.nanoTime() - time);
}
}

// no version, get the version from the index, we know that we refresh on flush
return getFromSearcher(get, searcherFactory);
}
 
可以看到realtime参数决定了GET到的数据的实施性。 如果设置为false，就从searcher里面拿，而searcher只能访问refresh过的数据，即刚写入的数据存在于index writter buffer里，暂时无法搜索到，所以这种方式拿到的数据是准实时的。 而默认的realtime:true，则决定了获取到的数据需要是实时的，也就是说需要也能够访问到writter buffer里的数据。  所以，中间有一个 refresh("realtime_get"); 的函数调用，这个函数调用会检查，GET的doc id是否都是可以被搜索到。 如果已经写入了但无法搜索，也就是写入到writter buffer里这种情况，就会强制执行一次refresh操作，让数据可以被searcher检索到，保证之后从getFromSearcher调用拿的是完全实时的数据。
 
实际上测试下来，也是这样，关闭自动刷新，写入一条文档，然后对该文档ID执行一个GET操作，就会看到有一个新的segment生成。 默认的realtime GET 强制刷新后，生成了新的segment file。
 
查了下文档，GET api调用时，url里可以带可选参数realtime=false，关闭实时功能:  https://www.elastic.co/guide/en/elasticsearch/reference/5.6/docs-get.html#realtime
 
然而，不幸的是，update API的文档和源码都没有提供一个“禁用”实时性的参数。 update对GET的调用，传入的realtime是写死为true的。
 
至于为什么update一定需要实时GET，想了一下，是因为update允许对文档做部分字段更新。如果有2个请求分别更新了不同的字段， 可能先更新的数据只在writter buffer里，searcher里看不到，那后面的更新还是在老版本文档上做的，造成部分更新丢失。 
 
另外一个问题，为啥之前的版本不是这种行为？  看了下2.4的GET方法源码，其没有采用refresh的方式让数据实时，而是直接访问的translog来保证GET的实时性。官方在这个变更里  https://github.com/elastic/elasticsearch/pull/20102    将其更新方式改为了refresh。理由是之前ES里有很多地方用translog维护数据的位置，使得很多操作变得很慢，去掉对translog的依赖可以提高性能。
 
但是很不幸，这个更改，对于短时间反复大量更新相同doc id的操作，会因为过于频繁的refresh短时间生成很多小segment，继而不断做短合产生性能损耗。 从上面链接里的讨论看，官方认为，在提升大多数应用场景性能情况下，对于这种较少见的场景下的性能损失是值得的，应该在应用层面解决。
 
因此，对于你的特定问题，要么优化应用数据架构，在应用层面合并相同doc id的更新，要么只能使用ES 2.x了。